Türkler, Emevilerin Maveraünnehir'i fethinden sonra İslamiyetle sürekli temas halindeydi. Ancak Türklerin kitleler halinde İslamiyeti seçmesi Talas Savaşı ile gerçekleşti. Türklerin İslamiyet'e geçişleri 10. yüzyılın başlarında hızlandı. Önce İdil Bulgarları, kısa bir süre sonra da Karahanlılar müslümanlığı seçtiler.

Karahanlılar İslamiyeti seçmekle Samanoğullarının Türkistan'da yürüttükleri cihad faaliyetlerinin önünü kesti ve onların Türkistan'daki askeri ve siyasi ilerleyişini durdurdular. Bir süre sonra da doğrudan onları hedef alan bir politikaya geçtiler.

Selçuk Bey'in Oğuz Yabgusuna bağlı olmasının yanında Cend'de elde ettiği güç onu Karahanlı-Samanoğlu mücadelesinde önemli bir taraf konumuna getirdi. Bölgesinde müslüman olmayan soydaşlarına karşı cihat başlattığı ve büyük oğlu Mikail'i de böyle bir savaşta kaybettiği bilinmektedir.

Karahanlı ailesinden batı bölgesinin yöneticisi olan Kılıç Buğra Han Harun, Samanoğullarının başkenti Buhara'yı işgal etti. Samanoğulları Selçuk Bey'den yardım istedi. Selçuk Bey oğlu Arslan Bey idaresinde bir kuvveti Buhara'ya gönderdi. Kılıç Buğra Han Harun şehri terk etmek zorunda kaldı. Samanoğulları Selçuk Bey'in yardımı karşılığında Buhara'ya yakın Nur Kasabasını onlara yurtluk olarak verdi. Arslan Bey idaresindeki bir grup buraya göç etti.

Samanoğulları, 999'da Karahanlı Nasr İlig Han tarafından ortadan kaldırıldı. Toprakları Ceyhun sınır olmak üzere Karahanlılarla Gazneliler arasında paylaşıldı. Samani Şehzade Ebu İbrahim İsmail tarafından ülkeyi yeniden kurmak için mücadele başlatıldıysa da sonuç vermedi.

Karahanlılar Maveraünnehir'e hakim olunca düşmanlarına yardım eden Selçuklularla karşı karşıya kaldılar. Hem bu sebeple hem de her ikisi de Türkmenlere hitap ettiği için Selçuklulardan fazla hoşlanmıyorlardı. Çağrı ve Tuğrul Beyler bu baskı sebebiyle Maveraünnehir'den çıkış yolu aradılar. Tuğrul Bey bir grup kuvvetle Karahanlı Büyük Kağanı Togan Ahmed Han hizmetine girdi. Ancak Selçuklu tehditinin farkında olan Togan Ahmet Han Tuğrul Bey'i yakalattı. Bunun üzerine dışarıda kalan kardeş Çağrı Bey kardeşini kurtardılar. Tekrar Maveraünnehir'e döndüler.

Karahanlıların kendi aralarındaki mücadeleleri de Selçukluların durumunu iyileştirmeye yetmedi. Karahanlı Ali Tegin b. Kılıç Buğra Han Maveraünnehir'de tam hakimiyet için Oğuz desteğine ihtiyaç duyuyordu. Bunun üzerine Selçuk Bey'in ölümünden sonra yabgu olan Arslan Bey ile işbirliği yaptı. Hatta kızını Arslan Bey ile evlendirdi.

Ali Tegin, Tuğrul ve Çağrı Beyler idaresindeki Selçuklulara düşmanca davranıyordu. Arslan Yabgu ise yeğenlerini ona karşı korumuyordu.

NOT: Oğuzlar genellikle bulundukları beyin adını kullanırlardı. Yabgulular, Yinallular, Kızıllular, Selçuklular gibi... İslam kaynaklarında müslüman Oğuzlar için Türkmen adı giderek yaygınlaşmıştır.