Arslan Yabgu hapsedilmişti. Oğuzlar'ın liderliğini Selçuklu ailesinden Tuğrul ve Çağrı Beyler üstlendi. Bu dönem onların iki amcaları olan Musa İnanç Yabgu ve Yusuf Yinal hayattaydı. Ancak Tuğrul ve Çağrı Beyler dedeleri tarafından bugünler için yetiştirilmişti ve liderlikleri çok daha kolay kabul edilmişti.

Ali Tegin, Maveraünnehir'de bağımsız bir Karahanlı Şubesi oluşturmaya çalışıyordu. Arslan Yabgu'nun hapsedilmesi ile Selçukluların askeri gücünden faydalanmaya karar verdi. Ancak Tuğrul ve Çağrı Beyler buna sıcak bakmıyordu. Bunun üzerine Ali Tegin önce Selçukluları parçalamayı denedi. Bunun için amcaları Yusuf Yinal'a Yabgu ünvanı verdi. Bu işe yaramayınca üzerilerine ordu gönderdi. Selçuklular Yusuf Yinal dahil birçok şehit verdiler. Bu olaydan bir sene sonra Tuğrul ve Çağrı Beyler Ali Tegin'den intikam almayı başardılar (1030).

Harizm, etrafı Türk şehirleri ile çevrili, Amuderya (Ceyhun) ırmağının Aral Gölü'ne döküldüğü yerin iki tarafını kapsayan bölgeye verilen isimdir. İslam Medeniyetlerinin önemli merkezlerinden olup Kas ve Gürgenç isimli iki başkenti vardır.

Bir süre sonra şartlar Ali Tegin meselesinin askıya alınmasını gerektirdi. Gazneliler'e bağlı Harizm Valisi Altuntaş Selçuklulara askeri güçlerinden ihtiyaç olduğunda faydalanılması şartıyla kendi topraklarından kışlaklar verdi. Kışı burada geçiren Selçuklular yazın Buhara-Nur civarındaydılar.

Babasının ölümüyle tahta geçen Sultan Mesud'un Harizm Valisi Altuntaş komutanlığında bir orduyu Ali Tegin üzerine gönderdi. Selçuklular bu savaşta Ali Tegin'i desteklediler. Bu savaşta vefat eden Harizm Valisi Altuntaş'ın yerine geçen oğlu Harun Gaznelilere karşı bağımsız olmayı amaçlıyordu. Bunun için Ali Tegin ve Oğuzlarla ittifak yaptı.

Selçuklular Harun'la yaptıkları anlaşma gereği Horasan'a göç etti. Ancak Ceyhun nehrini geçerken Yenikent Yabgusu Cend meliki Şah Melik'in baskını ile büyük kayıp verdi. Selçuklular bu baskından Harun'u sorumlu tuttu. Ancak sonra tekrar anlaşma sağlandı.

Bir süre sonra Harun, Gazneliler tarafından öldürüldü. Ali Tegin'de bu olaydan hemen sonra vefat etti. Selçukluların yeni bir çıkış yolu bulması gerekiyordu.