Dünya Ortodoks Hıristiyan Kiliselerinin "Ekumenik" (evrensel) merkezidir.

İstanbul'un "Fener" semtinde bulunduğundan "Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi" veya kısaca "Fener Patrikhanesi" diye bilinir. Fener'de Ali Paşa Caddesi'ndedir.

İstanbul, Hıristiyanlığın ilk yayılış yıllarında piskoposluk merkezi olmuştur.

Fatih, İstanbul'u fethettikten sonra Bizanslıların ve Doğu Kilisesi'ne inananların beklediği ve korktuğu gibi davranmadı. Patrikhane, hiç beklemediği değişik şartlarla karşılaştı. Fatih, Patrikhane'ye Bizans imparatorlarının bile tanımadığı ayrıcalıklar verdi Bizans'ın ilgi göstermediği Doğu Kilisesi'ne ilgi gösterdi. Yenik Rum cemaatinin dini hayatını düzenlemek için başlarında bir patriğin bulunmasını uygun gördü. Patrik seçimi yaptırdı. Georgios Kurtesios Skholarios yeni Patrik seçildi. Fatih, Doğu Kilisesi'ne bağlı ve çoğu kendi tebaası olan Hıristiyanları manen kendisini destekler duruma sokmak için Doğu Kilisesi'ni Batı Kilisesi'ne karşı yeniden kurdu. Başına da Batı Kilisesi'nin düşman ilan ettiği Kurtesios'un gelmesini sağladı. Böylece Hıristiyan Osmanlı tebaasını da kazanmış oldu.

Fatih Sultan Mehmed; seçilmesinden sonra kendisini ziyarete gelen Patrik Gennodios'u kabul etti ve ona Patriklik asası ile İmparatorluk sınırları içinde Müslümanlar arasında Hıristiyanlara hukuki teminat kurduğunu belirten ve Patrik'in "hukuki statüsü"nü gösteren bir berat ve kiliseye karşı saldırılar için güvence verdi. Kiliseyi vergiden muaf tuttu. Patriği protokolde vezirlerle eşit kıldı. Koruyucu olarak, yeniçeri çorbacılarından bir muhafız kadısı ayırdı. Rumların dini, hukuki, cezai işlerinden Patrikhane'yi muhatap aldı.

Patrikhane'nin 8000 metrekarelik bir alan da çevresi 3-4 metrelik duvarla kaplanmasını sağladı.

Patrikler, Ortodoks Hıristiyanların temsilci ve başkanı olarak Divan-ı Hümayun'da her zaman söz hakkına sahipti. Ancak, siyasete karışmaları, İmparatorluk içinde kötü davranışlarda bulunmaları, onların bu yetkilerinin zamanla kısılmasına sebep oldu. Devletin selameti için kardeşlerini, oğullarını dahi idam ettirmekten çekinmeyen Osmanlı padişahları daha sonra devlet aleyhine faaliyette bulunan iki patriğin idamına karar vermek zorunda kaldı.

IV. Mehmed devrinde Rum Patriği III. Parthenios'un Eflak voyvodası Costantin'i isyana teşvik ettiği, İstanbul yangınlarında şehirde yağma ve kargaşalıklar çıkardığı için 1657'de Parmakkapı'da asılarak idam olundu.

Bu tarihten sonra, patriklerin seçiminde ferman vermeleri kaldırıldı. Patrikhane'den Hazine-i Hassa'ya 100.000 akçe, dış hazineye de 140.000 akçe vermeleri karar altına alındı. Bundan sonra "İclas törenlerinin sadrazamın huzurunda yapılması uygun görüldü. Kilise tarihçileri bu konuda "Bu olayda sorumluluk Türklere ve Türk hükumetlerine düşmemektedir" diyerek Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi'ni eleştirdiler.

Mora isyanlarını el altından kışkırttığı, Yunanistan'ın istiklalini kazanması için silahlı Rum çetelerine maddi ve manevi yardımda bulunduğu ortaya çıkınca Patrik II. Gregorios idam edildi (1821).

İşte bu tarihten sonra Patrik'in eşiğinde idam edildiği "Ortakapı" hiç açılmadı. Patrikhane'ye "Ortakapı"nın sağındaki kapıdan girilip, solundakinden çıkıldı. Kilitli ve hiç açılmayan bu kapının arkasında Patrik II. Gregorios'un resmi asıldı. Gizli bir kararla bu tarihten sonra görev alan patrikler ve metropolitler, Patrik II. Gregorios'un asıldığı yerde bir Türk sultanı veya Türk devlet büyüğü idam edilmedikçe "Ortakapı"nın açılmamasına karar verdiler. Bu kapı halen kapalı bulunmaktadır.

Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi, tarih boyunca Osmanlı İmparatorluğu'ndan ve 1923'ten sonra Cumhuriyet hükumetlerinden daima destek gördü.

Patrikhane'nin yetkileri önce 1833'te Yunan Kilisesi'nin kurulmasıyla ordudan 1870'te Milli Bulgar, 1879'da Sırp ve 1885'te Romen kiliselerinin bağımsızlıklarını ilan etmesiyle daraldı. Fener sadece "Rum Ortodoks Cemaati"nin dini merkezi hüviyetini aldı. Fuad Paşa'nın 1844'te Fatih'in imtiyazlarını tekrar Patrikhane'ye vermesi de Patrikhane'nin eski nüfuz ve itibarını kazandırmadı.

Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi Yunanistan'ın istiklalinden sonra Bizanslı kisvesini attı. Yunanistan'ın ikinci bir elçiliği haline geldi. Hele 1904'den sonra Bizans'ı ihya etmek hülyası Yunanlı yöneticilere "milli bir siyaset" oldu. Patrikhane Yunan Hükumeti'nin emrine girdi. 1909'da Osmanlı topraklarındaki Rumları Yunanistan lehine isyan ettirmek için gizli çabalar gösterdi. Hükumet, 1910'da Patrikhane'yi askeri kordon altına aldı. Çünkü bu tarihten az önce sonradan Yunan Başvekili olan Venizelos gizlice İstanbul'a gelmiş, Patrikhane'de Patrik ve Patrikhane mensuplarıyla, ileri gelen Rumlarla toplantılar yapmıştı.

Patrikhane'nin Balkan ve I. Dünya Savaşları sırasında Osmanlılara karşı düşmanca davranışları arttı. Başta Patrik Malatayos olmak üzere bütün metropolitler savaş şartlarından yararlanmak için büyük bir çabaya giriştiler.

1918'de Patrikhane "Etnik-i Eterya Cemiyeti", "Rum Matbuat Cemiyeti", "Rum Müdafaa-i Milliye Cemiyeti", "Rum Trakya Cemiyeti" "Rum Muhacirin Cemiyeti", "Rum Tüccar Cemiyeti", "Rum Küçük Asya Cemiyeti", "Rum Edebi Cemiyeti", "Rum İzcilik Teşkilatı"nı kurdurdu. Bu Rum teşekküllerinin faaliyetleri hep Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi'nde yönlendiriliyordu. Bu sırada Patrikhane'ye yerli Rumlardan başka Yunanistan'dan üç milyon, Amerikalı Rumlardan da dört milyon drahmi para yardımı geldi. Patrikhane "Ruhani Meclisi"nin güçlenmesi için Kayseri, İnoz, Ankara, Vize, Amasya, Çanakkale, Trabzon metropolitleri İstanbul'a çağırılıp bilgi verildi.

Patrikhane'nin en büyük ihaneti, Doğu Karadeniz bölgesinde "Pontus Cemiyeti"ni kurdurarak, Türkleri Anadolu'da arkadan vurmak planı idi. Başında Trabzon Metropoliti Hrisantos'un bulunduğu "Pontus Cemiyeti" silahlı Rum çeteleri kurdurup Türklere karşı toplu cinayetlere girişti. Sinop, Samsun, Ordu, Giresun, Trabzon, Amasya vilayetlerinde etkili olan silahlı Rum çeteleri, Heybeliada Ruhban Okulu'nda yetiştirilen "İhtilalci papazlar" ile birlikte çalışıyorlardı.

1918'de Yunanistan'dan gelen talimatla Patrikhane, "Bizans Hülyası"nı gerçekleştirdi. Patrikhane'nin istiklalinin ilanı anlamına gelen "Çift Kartal'"lı Bizans Bayrağı dış kapıya çekildi. Bütün bunlara rağmen Karamanlı olan Patrik, siyasi işlerde "hafif ve pasif" bulunduğundan, Yunanistan Başbakanı Venizelos'un emriyle değiştirildi ve yerine Doroteos patrik oldu. Bu arada Patrikhane'ye Yunanistan'dan siyasi müşavir olarak Kanelopulos, askeri müşavir olarak da Albay Kanamakis geldiler.

Fener Rum Ortodoks Patrikhanesi'nin Mütareke ve Türk milletinin İstiklal Savaşı yıllarında amaç dışı faaliyeti ve Türk milletine ihaneti 5 Mart 1921 günü Yunanistan Millet Meclisi'nde de belgelendi. Yunan hariciye nazırı Baltacis, yaptığı konuşmada, Fener Patrikhanesi'nin faaliyetlerini övgüyle anlattıktan sonra "Yunan milleti, Fener Patrikhanesi'ne teşekkür borçludur. Onun eski mücadeleleri Yunan milletini böyle büyük bir fetihe kavuşturdu" dedi.

Kurtuluş Savaşı'nın kazanılmasından sonra Fener Patrikhanesi'nin planları bozuldu. Doroteos'un yerini eski Patrik IV. Malatayos aldı. Lozan görüşmeleri başlamış, Ankara Hükumeti'nin Valisi Haydar Bey İstanbul'a vali olmuştu, işgal kuvvetleri daha İstanbul'dan çekilmemişlerdi. Kendilerini suçlu gören Rumlar ve Patrikhane mensupları geleceklerinden korkarak İstanbul'u terkettiler. Kaçanlar arasında eski Patrik Doroteos ile bazı militan metropolit ve papazlar da vardı. Bu durum İstanbul'da Rumların iki ayrı görüşe ayrılmalarına neden oldu. Panaya Kilisesi Patrikhane aleyhine kampanya açtı. 3 Haziran 1923 günü Patrik Malatayos taraftan 30-40 kadar papaz Panaya Kilisesi'ne saldırdı. Orada bulunan Damayonudu ile bazı Patrikhane aleyhtarlarını tartaklayıp dövdü. Ertesi günü Patrikhane aleyhtarları, Fener Patrikhanesi'ne giderek Patrik'in derhal istifasını ve olaylara bulaşmamış yeni bir patrik seçmesini istediler. Bu sırada imzalanan Lozan Antlaşması'nda Patrikhane'nin merkezinin İstanbul'da olması gerektiği belirlendi ve Patrikhane'nin Rum Ortodoks Cemiyeti'nin dini merkezi olma niteliği kabul edildi. Cumhuriyet yönetimi bu statüye uygun olarak Patrikhane ile ilişkilerini sürdürmektedir.