Bizans Kilisesi'nin devamı olan Rum Ortodoks Patrikhanesi 330 yılından beri süregelmektedir. Ortodoks Kilisesi'nin başında bulunan başpapaza patrik, onun makamına ve bulunduğu yere de patrikhane denir. Bütün dünyada bulunan 5 Ortodoks patrikliğinin en büyüğü İstanbul'dakidir. Fener Rum Ortodoks patriği bütün Ortodokslarca dünya patriği sayılır. Öteki 4 Ortodoks patriği Moskova, İskenderiye, Antakya ve Kudüs'tedir.

Önceleri bütün Hıristiyanların bağlı bulunduğu kiliselerin sayısı üçtü. İsa'nın havarilerinden Petrus'un kurduğu Roma Kilisesi, Paulus'un kurduğu Antakya Kilisesi ve Yuhanna'nın kurduğu iskenderiye Kilisesi. Roma İmparatorluğu ikiye ayrılıncaya kadar bu durum devam etti. Roma Kilisesi güçlendikçe doğu kiliseleriyle ayrılıklar baş gösterdi ve iyice keskinleşti. Sonunda 1054 yılında Roma ve Bizans kiliseleri birbirinden tamamen koptu; böylece Roma Kilisesi'nin başında bulunan papa bütün Katoliklerin; İstanbul'daki Ortodoks Kilisesi'nin başında bulunan patrik ise bütün Ortodoksların başı oldu.

Fener Patrikhanesi

Fatih Sultan Mehmet 1453'te İstanbul'u fethettiği zaman Ortodoks Kilisesi'ne dokunmadı, hattâ ona bütün Hıristiyanlar üzerinde geniş yetki tanıdı. İlk patrikhane şimdiki Fethiye Camii olan Pammakaristos Kilisesi'ndeydi. 1586'da patrikhane Fener'deki Eflak Sarayı Kilisesi'ne, 1602'de Aya Yorgi Kilisesi'ne taşındı. 1720'de de patrik Yeremyands, patrikhanenin şimdi bulunduğu kiliseyi yaptırarak patrikhaneyi buraya yerleştirdi.

Patrikhane Birinci Dünya Savaşı ertesinde Türkiye aleyhine çalışarak Anadolu ve İstanbul'daki Rum ahaliyi kışkırttıysa da Kurtuluş Savaşı'ndan sonra, Anadolu Rumlardan arındığı için patrikhaneye dokunulmadı.

Türk Ortodoks Patrikliği

Kurtuluş Savaşı sırasında Fener Patrikhanesi'nin Anadolu'daki Rumları kışkırtarak Pontus Krallığı'nı diriltmeğe kalkışması ve Yunanlıların Anadolu'yu istilâsını alkışlaması üzerine Keskin metropoliti papa Ettim (Pavri Karahisarlıoğlu, sonra Evrenerol) 1921'de bir bildiri yayımlayarak "Türk Ortodoks Kilisesi"ni kurduğunu açıkladı. Anadolu'daki Hıristiyan Türkler adına Fener Patrikhanesi'yle savaşan papa Eftim, Kurtuluş Savaşı'nı desteklediği için Fener Patrikhanesi'nce aforoz edildi. O da 1924'te Rum Ortodoks Kilisesi'nden ayrılarak İstanbul'da Ortodoks Kilisesi'ni kurdu ve bunun başına patrik seçildi. Papa Eftim 1968'de ölünce yerine oğlu Turgut Evrenerol patrik oldu.