Osmanlı sultanlarının on üçüncüsü, İslâm halifelerinin yetmiş sekizincisi. 1566 târihinde Manisa'da doğdu. Babası Üçüncü Murad Han, annesi Sâfiye Vâlide Sultandır. Şehzâdeliğinde; yüksek din, fen, idarî ve askerî ilimleri, kıymetli âlimlerden öğrenerek yetiştirildi. İlk hocası İbrahim Cafer Efendidir. Haydar Efendi, Pir Mehmed Azmi Efendi, Sultan Selim Medresesi Müderrisi Nasûh Nevâli Efendiden ders aldı. Târihe geçen muhteşem bir merasimle sünnet edildi. 1583'te Manisa sancağı Vâliliğine tâyin edildi. Kumandanlık ve devlet idâresi siyâsetini iyice öğrenmek için Manisa'ya gönderildiğinde yanına müderrisi Nasûh Nevâli Efendi, lalası Sipahi Bey ile Defterdar Baş ruznâmecisi Hasan Beyzâde, Nişancı Lala Mehmed Paşa, Reisülküttâb olarak da Abdurrahman Çelebi ve diğer vazifeliler verildi. 1595'in Ocak ayına kadar Manisa'da vâlilik yaptı.

Babası Üçüncü Murâd Hanın vefatından on bir gün sonra 17 Ocak 1595 târihinde Manisa'dan İstanbul'a gelip, sultan îlân edildi. İlk icraatı, devlet ve saltanatın emniyetini kuvvetlendirip, tâyinlerde bulunmak oldu. Ulemâdan Sadeddin Efendiyi hocalığına, Ferhad Paşayı Sadrâzamlığa, Halil Paşayı da Kaptan-ı deryalığa tâyin etti. 1593'ten beri devam eden Avusturya harpleri esnasında, papa Sekizinci Clément'in teşvik ve propagandalarıyla, ahâlisi Hıristiyan olan Osmanlı Devletine tâbi Erdel, Eflâk ve Boğdan Voyvodalıkları Türklere karşı isyân ettiler. Sadrâzam Ferhâd Paşa, Eflak Seferi için Serdâr-ı ekrem tâyin edildi. 14 Mayıs 1595'te Eflak ve Boğdan'ın imtiyazlı prenslik statüsü kaldırılıp vilâyet hâline getirilerek, vâliler tâyin edildi. Papa'nın çağrısıyla Almanya, Avusturya, Belçika, Bohemya, İtalya, Macaristan'dan toplanan elli bin piyâde ve yirmi bin süvâriden meydana gelen Hıristiyan ordusu, Avusturyalı Prens Mansfeld emrinde yardıma geldiğini haber alan Eflak Voyvodası Mihail, binlerce Müslümanı kılıçtan geçirip, her yeri harap etti. Prens Mansfeld, 1 Temmuz 1595'te Osmanlı idâresindeki Macaristan'ın Estergon Kalesini kuşattı. Serdâr-ı ekrem Ferhâd Paşanın ve eski Vezir-i âzam Koca Sinan Paşanın taraftarları seferde bozgunculuk yaptılar. Ferhâd Paşa vazifesinden alınarak, Koca Sinan Paşa tekrar Vezir-i âzam ve serdarlığa getirildi. birbiri ardına gelen felaketler ve ölümler sebebiyle düşman karşısında kesin zafere gidilemedi. Sadrazamlardan Ferhâd Paşanın îdâmı, Lala Mehmed ve Koca Sinan Paşaların vefatları ve 27 Ekim 1595 Köprü Faciasıyla Akıncı Ocağının çok zarar görmesi neticesinde, Estergon, Vişegrad, Tegovişte, Yergöğü düşman eline geçti. Hıristiyanlar yerli ahaliye ve esir kumandanlara insanlık dışı fiillerde bulundular. Önemli devlet adamları ile 3500 asker, Voyvoda Mihail tarafından kazığa vuruldu.

Eflâk ve Macaristan cephelerinde, Osmanlı şehirlerinin düşman ordularınca yıkılıp yakılması, ahâlinin kılıçtan geçirilmesine son vermek için Üçüncü Mehmed Han, Vezir-i âzam Damad İbrahim Paşanın da tavsiyesiyle 20 Haziran 1596 târihinde Eğri Seferine çıktı. Üçüncü Mehmed Hanın, ordusunun başında bizzât sefere çıkması askerleri coşturdu. Müslümanları zulümden kurtarmak aşkı ve şevkiyle Edirne, Filibe, Niş, Belgrad yolundan Sirem'e gelindi. 26 Ağustos 1596 târihinde Sirem'deki Salankamen Kalesindeki harp meclisinde, isyân hâlindeki Erdel üzerine mi yoksa Avusturya işgalindeki Macaristan topraklarına mı sefer edilmesi müzakeresi yapıldı. Eğri'nin askerî strateji bakımından daha fazla kıymet arz etmesinden, Avusturya Cephesi hedef tâyin edildi. 21 Eylül 1596 târihinde Macaristan topraklarındaki Eğri Ovasına gelen Sultan Mehmed Han, Otağ-ı Hümâyuna yerleşti. 24 Eylül 1596 târihinde başlatılan Eğri Kalesi kuşatmasında, 4 Ekim'de dış kalenin fethinden sonra iç kale de 12 Ekimde vire ile teslim oldu. Eğri'deki Avusturya askeri cezalandırıldı. Şehrin en büyük kilisesi câmiye çevrilerek, 18 Ekim Cumâ günü Türk-İslâm an'anesince Sultan Mehmed Han, Cumâ namazını burada kıldı.

Eğri fâtihi Sultan Üçüncü Mehmed Han, 23 Ekim 1596 târihi Harp meclisi kararınca ileri harekâta devam etti. 24 Ekim 1596 târihinde, Haçova'da Alman, Avusturya, Çek, Fransız, İspanya, İtalyan, Leh, Macar, Papalık askerlerinden meydana gelen 300.000 mevcutlu Hıristiyan ordusuyla karşılaşıldı. 100-110.000 mevcutlu Osmanlı ordusu, 25 Ekim günü başlayan Haçova Meydan Muhârebesinde 26 Ekimde düşman ordusunu mağlup etti (Bkz. Haçova Meydan Muhârebesi). Haçova'da büyük bir zafer kazanılmasının ardından, 22 Aralık 1596 târihinde İstanbul'a dönüldü. İstanbul'da Eğri ve Haçova zaferleri sevinciyle, üç gün üç gece merâsim ve şenlikler yapıldı. Şâir Bâkî dâhil birçok divan şâirleri Sultan'a kasideler, manzum târihler ve zafernâmeler sundular. Avusturya cephesine Satırcı Mehmed Paşa Serdar-ı ekremliğe tâyin edildi.

Osmanlı Devletinin Avrupa cephesinde harplerle uğraşmasını fırsat bilen İran Safevî Devleti Anadolu'da, önce propaganda faaliyetlerini başlatıp, isyanlar çıkarttı (Bkz. Celâlîler). Celâlî isyanları denilen bölücü ve yıkıcı faaliyetlerin ardından, Safevîler, Osmanlı Devleti hududuna saldırdılar. Avusturya ve İran cephelerini halletmek çârelerini araştıran Üçüncü Mehmed Han, 1603 yılında 21/22 Aralık gecesi vefât etti. Ayasofya Câmii bahçesindeki türbesine defnedildi.

Sultan Üçüncü Mehmed Han çok nâzik, halîm selîm, vakûr, kerîm bir şahsiyete sâhipti. Sancakbeyliğinden saltanata gelen son Osmanlı pâdişahıdır. Bütün Osmanlı pâdişahları gibi iyi bir şâir olup şiirlerinde Adlî mahlasını kullanırdı. Beş vakit namazını dâimâ cemâatle kılardı. Devrin kaynakları dindârlığını, hazret-i Muhammed (sallallahü aleyhi ve sellem), Dört Halife, Eshâb-ı kirâm ve âlimlere hürmetini yazar. Bunların adı bahsedildiği an hürmeten ayağa kalkardı.