Moğolistan'da yaşayan Proto-Moğolları ve Tunguzları; Türklerin kurduğu büyük Hun İmparatorluğu birleştirdi. Miladdan önce 3. yüzyıldan itibaren bölge Türklerin hakimiyetine geçti. On üçüncü yüzyılın başına kadar; Büyük Hun İmparatorluğu, Göktürk, Uygur, Karakutay devletleri hakim oldu. Cengiz Hanın birleştirip teşkilatlandırdığı kabilelerle, 1205'te Moğolistan'da ilk Moğol Devleti kuruldu.

Cengiz Han, 1227'de ölünce Moğol İmparatorluğu oğulları arasında bölüşüldü. Moğolistan'a Ögedey ve Toluy'un neslinden hanlar, 1634 yılına kadar hakim oldu. 1634'te Mançu Hanedanının hakimiyetine geçti. On yedinci yüzyılda Çarlık Rusyası, bölgeyi kontrolüne almak için teşebbüslere başladı. On sekizinci yüzyılda Moğolistan'da Rus ve Çin yanlılarının mücadelesi başladı.

Moğol prenseslerinin Çinliler gibi yaşaması Moğolistan'da milliyetçilik akımının başlamasına sebep oldu. Katolik misyonerlerinin faaliyetleriyle Moğolistan'da Hıristiyanlaşma başladı. Misyonerler Uzak Doğu'da dayanak noktası elde etmek ümidiyle Moğolistan'ın istiklalini müdafaa ettiler. İstiklal fikri yayıldı. Yirminci yüzyılda.

1912'de Çin'de Mançu hanedanının yıkılmasıyla Moğol prensleri Rusların da yardımıyla Moğolistan'ın istiklalini ilan ettiler. Çinlilerle mücadeleye girişen Moğolistanlılar, 1915'te Çin'e de istiklallerini tanıttılar. Çin-Japon savaşında Moğolistan'da yeraltı faaliyetiyle komünist hareket başlatıldı. Japonya'nın Kuzey Çin'e girmesiyle 1935-1937'de Moğolistan da işgale uğrayarak, mahalli muhtar bölgeler kuruldu.

1945'te İkinci Dünya Savaşınin bitmesiyle ülkedeki istiklal yanlısı teşkilatlar faaliyetlerini komünizm paralelinde devam ettirdiler. Komünizme karşı mücadele eden teşkilatların zayıflatılmasıyla İç Moğolistan, Çin'in hakimiyetinde muhtar hale getirildi. İkinci Dünya Savaşından sonra dış Moğolistan'da, ABD ve İngiltere'nin tavsiyesiyle, Moğolistan Halk Cumhuriyeti kuruldu.

20 Ekim 1945'te referandumla istiklalini ilan eden Moğolistan, önce Milliyetçi Çin tarafından tanındı. 1946'da Moğolistan Halk Cumhuriyeti ile Sovyet Sosyalist Cumhuriyetler Birliği aralarında ittifak imzalandı. 1961'de Birleşmiş Milletler Teşkilatına kabul edildi.

Sovyetler Birliğindeki ve Doğu Avrupa'daki komünist yönetimlerinin çöküşü komünizmle idare edilen Moğolistan'ı da etkiledi. 1990'da çok partili sisteme geçilerek; ekonomik, sosyal ve siyasal reformlar yapıldı. Temmuz 1990 ilk çok partili seçimler yapıldı. Moğolistan'da bulunan Rus birlikleri yapılan anlaşma sonucu geri çekildi.