Kolombiya toprakları, 16. yüzyılın başlarında Ganzalo Jiménez de Quesada ve Sebastian de Balalcozar komutasındaki İspanyollar tarafından bulunmuş ve sömürge haline getirilmiştir. On sekizinci yüzyıla kadar ülke, İspanyol asıllı beyazlar tarafından yönetildi. Bundan sonra başlayan bağımsızlık mücadelesini Kuzey Amerika ve Fransa İhtilalleri daha da kuvvetlendirdi.

1886'da ülkeye, kıtayı keşfeden Kolomb'un ismi verildi ve Kolombiya Cumhuriyeti ilan edildi. 1903 yılında, ülke topraklarına dahil olan Panama, ABD'nin yardımı ile Kolombiya'dan ayrılarak bağımsız bir devlet oldu. Bu ayrılma yüzünden ABD ile Kolombiya arasında 1921 yılına kadar süren gerginlik oldu.

Bu tarihten sonra Kolombiya yönetimine iki büyük parti olan Liberaller Partisi ile Muhafazakarlar Partisi hakim oldu. Fakat bu iki parti arasındaki sürtüşmeler, iç karışıklıklara ve ülkenin uzun süre diktatörler tarafından yönetilmesine sebep oldu. Sivil hükümetle yönetilen Kolombiya'da günümüzde iç karışıklıklar devam etmektedir.