İspanya dönemi öncesi Peru tarihi hakkında, elde yazılı ve kayıtlı dokümanlar yetersiz olduğu için, bilgiler oldukça zayıftır. Yapılan tarihi çalışmalardan çıkarılan sonuçlara göre, Peru topraklarında ilk yaşayanlar Panama Boğazını geçen ve Pasifik Okyanusunu aşan göçebe avcıları ve balıkçılık yapan insanlardır. Peru'da M.Ö. 1200 yıllarından, M.S. 1532 yılına kadar çeşitli medeniyetler gelip geçmiştir. Chavin (Şöven), Klasik, Chimu ve İnka diye bilinen bu dönemlerin sonuncusu olan İnka medeniyeti kıtada ve ülkede en tesirli olanıdır.

İspanyollar ilk olarak 1531 yılında Francisco Pizarro vasıtasıyla ülkeye geldiler. Bundan sonra Lima, Peru'ya İspanya adına gelen genel valilerin merkezi oldu. Güney Amerika'da iyice yerleşen ve kuvvet bulan İspanyol idaresi, Peru'nun bağımsızlığının gecikmesine sebep oldu. 1821 yılında Arjantinli Jose de San Martin, Peru topraklarını topladığı kuvvetlerle ele geçirdi.

Arkasından Simon Bolivar ve Antonio J. de Sucre komutasındaki kuvvetler İspanyolları bozguna uğrattılar. 1826 yılında Callao bölgesinin de ele geçirilmesi sonunda Peru bağımsızlığını ilan etti. Böylece Amerika kıtasındaki İspanya İmparatorluğu çöktü.

1846 yılına kadar ülke içinde siyasi ve politik mücadeleler başgöstermiştir. Evvela 1822'de kongre bir cumhuriyet anayasasını kabul etti ve 1823'te Jose de la Riva Agüero ülkenin ilk başkanı oldu. 1879-84 yılları arasında Şili, Peru ve Bolivya'ya saldırdı ve Tarapaca, Tacna veArica'yı ele geçirdi. Yıllarca süren mücadeleler sonunda 1929 yılında yapılan bir antlaşmayla anlaşmazlık kesin olarak son buldu.

Antlaşmaya göre, Arica bölgesi dışındaki bütün bölgeler, Peru'ya geri verildi. 1968 yılında yapılan bir askeri darbe ile, başkan Femando Belaunde Terry görevinden uzaklaştırıldı. 1974 yılına kadar devam eden askeri hükümet zamanında petrol, bankacılık, madencilik ve balıkçılık millileştirildi.

12 yıllık bir aradan sonra Peru, 1980 yılında demokratik hayata döndü. Başkanlığa yeniden F. B. Terry getirildi. Yeni hükümet sosyalist sistemi terk ederek liberal sistemi ülkeye getirdi. Ülke ekonomisi girdiği çıkmazdan kurtularak normale döndü. 1981 yılında Ekvador sınırında bazı çatışmalar olduysa da çabuk kapandı. Bundan sonra Mao'cu solcu teröristler ülkede olaylar çıkarmaya başladılar.

1982 ve 1983 yılında hızlanan bu tedhiş eylemleri daha çok ABD aleyhine yapılmaktaydı. 1985'te iktidara gelen Alan Garcia Perez tethiş eylemlerini bastırmaya çalıştı. 1990'da seçimleri kazanan Alberto Tujimori de zamanında solcuların tethiş eylemleri hızla arttı. Bunun üzerine Başkan Alberto Fujimori 5 Nisan 1992'de bir sivil darbe yaparak kongreyi dağıttı ve bir olağanüstü hal ve yeniden inşaa hükümeti kurdu.

13 Kasım 1992'de Başkan Alberto'ya başarısız bir suikast girişiminde bulunuldu. Yeni kurulan Demokratik Kurucu Kongre için seçimler 22 Kasım 1992'de yapıldı ve Başkan Alberto'yu destekleyen partiler salt çoğunluğu elde ettiler. Bu arada Aydınlık Yol Gerilla teşkilatının lideri olan Guzman yakalandı. Guzman 1980'de başlayan gerilla savaşında 22.500 kişinin ölümünden sorumlu tutularak ömür boyu hapis cezasına çarptırıldı.