Malta, Gozo, Comino ile Cominotto ve Filfla adlarında iki küçük adayı kapsayan Maltese takımadaları, Sicilya'nın yaklaşık 80 kilometre güneyinde yer almaktadır. Küçük olmalarına karşın, Malta ve Gozo dünyadaki tarihöncesi çağlara ait en çok tapınağın bulunduğu yerlerden biridir. Bunlar aynı zamanda en eskilerindendir.

Malta'da 43, Gozo'da 9 tapınak bulunmaktadır ve tarihleri genellikle M.Ö. 3500-3000 yıllarına dayanmaktadır. Ancak, bazı tapınaklar M.Ö. 4500 tarihlerini gösterecek kadar eskidir ve mağara mabetleri M.Ö. 5000 yıllarına işaret etmektedir. Bu tapınaklardan birkaçı, ondokuzuncu yüzyıllardaki kazılarda ortaya çıkmış, fakat I909'da Profesör Zammit Malta Müzesi'nin yöneticisi olana kadar sistematik bir çalışmaya alınmamışlardır.

Bunların en ünlülerinden biri, Marta'nın güney kıyısında bulunan Hagar Qim'dir. Dikkatle bakıldığında, bir kurukafanın yandan görünüşüne benzemektedir ve M.Ö. 4. binyılın sonlarına işaret etmektedir. Burada, ağırlığı otuz tonu bulan taşlar bulunmaktadır. Burada ve diğer Malta tapınaklarında bulunan heykel ve büstler, bir tanrıçaya adanmış olduklarını düşündürmüştür. Bu aynı zamanda, Gozo'daki Ggantija gibi bazı tapınaklarda bulunan yarım daire veya elips biçimindeki odaların birlikte "trefoil" kalıbını oluşturmasıyla mimaride de ifade edilmiştir.

Uzun geçmişine karşın, M.Ö. 3000 yıllarında tapınak yapımı kesilerek bütün nüfus ortadan kaybolmuş ve adalarda yaklaşık 500 yıl boyunca bir daha yerleşim izine raslanmamıştır. Marija Gimbutas, The Civilization ofthe Goddess (Tanrıça'nın Uygarlığı) adlı kitabında şöyle demektedir:

“Büyük Tarxien Tapınağı ile birlikte, Malta 'da tapınak yapımı sona erdi. Tapınak mühendislerine ne olduğu bilinmemektedir. Ama belki de kuraklık ya da tarımsal verimsizlik, hastalık, veba gibi nedenlerle adaları terketmiş olabilirler.”

Arkeolog Joseph Ellul, Malta'nın terkedilmesi konusunda kendi fikirlerini sunmaktadır. Malta's Prediluvian Culture (Malta'nın Prediluvian Kültürü) adlı kitabında, ünlü tapınak yapılarının yokoluş tarihini M.Ö. 5000 olarak göstermektedir. Hagar Qim tapınağını inceleyen arkeologlar, dev taş bloklarından bazılarının sanki batıdan doğuya kayan muazzam bir gücün etkisi altında kalarak savrulmuş olduklarını görmüşlerdir. Ellul şöyle vurgulamaktadır:

“Hagar Qim halkı, istenmeyen delik ve çatlakları kapamak için kireç harcı kullanmışlardı. Şimdi sertleşmiş durumlarına bakıldığında, bir süre için tapınağın sular altında kaldığı anlaşılmaktadır. Bu yüzden, harç suyla erimiş, çözülmüş, sular çekilince tekrar sertleşmiş olmalıdır.”

Joseph Ellul, Cebelitarık Boğazı'nın Atlantik Okyanusu'ndan ayrı olduğuna kesinlikle inanmaktadır. M.Ö. 3000 yıllarının bir yerinde, okyanus güçlü bir akıntıyla bu engeli parçalamış ve Akdeniz'e akmıştır. Bu sırada Malta'daki tapınakları da içine alacak şekilde bütün adaya bir metre kalınlığında kum tabakası bırakmıştır. Aynı kitapta, Mezopotamya'daki Xari Süste kasabasından bahsetmektedir. Verilen bilgilere göre üç metre kalınlığında bir kum tabakası arasındaki yemek için hazır sofralara, uyuma pozisyonundaki iskeletlere bakılırsa, bu felaket aniden gerçekleşmiştir.

Bu yıkım hakkında Sümer mitolojisi ve efsanelerinde de geçen daha fazla kanıt, modern Irak'ın An Nasiriya kenti yakınlarındaki Ur kazılarını gerçekleştiren Sir leonard Woolley tarafından günışığına çıkarılmıştır.

Diğer kanıtlar da, bu selin Aşağı Mezopotamya'nın tamamını kaplayarak bütün canlılarını yokedecek kadar büyük olduğunu göstermektedir.