Sultan Mes'ud, Selçukluların artık kendi devleti için ne kadar büyük bir tehlike olduğunu anlamış ve onlar üzerine sefere çıkmıştı. Nihayet Sultan Mes'ud ilk iki savaşta Selçukluları mağlup ettti (1039). Ancak bu Gazneliler için Selçukluları tamamiyle itaat altına alabilecek kesin bir zafer değildi. Bu bakımdan Selçuklulara barış teklif edildi.

Selçuklular tarafında da kabul edilen bu teklife göre; Gazneli ordusu Herat'a gidecek, Nesa, Baverd, Fevare şehir ve hududları Selçuklulara teslim edilecek, Selçuklular ele geçirmiş oldukları Nişabur, Serahs ve Merv'i tahliye edeceklerdi. İki tarafın da bu geçici barışı kabul etmelerinin sebebi, dinlenmek ve yeniden savaşa hazırlanmaktı.

Selçuklular barış şartlarına uymadıkları gibi, Gazneli topraklarına yeniden akınlara başladılar. Sultan Mes'ud tekrar Selçuklulara karşı harekete geçti. Selçuklular ile Gazneliler arasında devam eden savaşların en büyüğü ve önemlisi Merv civarındaki Dandanakan kalesi yakınında oldu.

Selçuklular, Sultan Mes'ud idaresindeki ordu karşısında kesin sonucu alarak Gaznelileri hezimete uğrattılar (24 Mayıs 1040). Dandanakan savaşını kazandıktan sonra Selçuklu Beyleri toplanarak Tuğrul Bey'i "Horasan Emiri" ilan ettiler. Artık Horasan'da tamamen bağımsız bir devlet kuruyorlar ve büyük bir imparatorluk için ilk adımlarını atıyorlardı. Ayrıca devrin adeti gereğince civardaki hükümdarlara zaferlerini bildiren "fetih-nameler" gönderdiler.

Selçuklu reisleri aynı ay içinde Merv şehrinde toplanan Kurultay'da bir araya gelerek mühim kararlar aldılar. Bu toplantıda alınan kararlardan birisiyle Abbasi Halifesi Kaim bi-Emrillah'a sadık olduklarını ve Horasan'da adaleti tesis edeceklerini bildirdiler. Bundan sonra Selçuklular hakim oldukları ve ayrıca ilerde ele geçirmeyi tasarladıkları ülkeleri yine eski Türk geleneği gereğince bölüştüler.

Bu bölüşmeye göre; Tuğrul Bey "sultan" sıfatı ile Nişabur'u alarak batıya Irak tarafına gidecekti. Çağrı Bey'e "Melik" unvanı ile merkez Merv olmak üzere Ceyhun ile Gazne arasındaki bölge, Musa Yabgu'ya, Büst, Herat ve Sistan havalisi verildi. hanedana mensup şehzadeler de birer bölgenin zabtı ile görevlendirilmişlerdi.

Selçuklular bu esas üzerine fetihlere giriştiler ve bu sür'atle gerçekleştirdiler. Çağrı Bey Gaznelilere karşı başarılı savaşlar yaparak, onları Horasan'dan tamamen uzaklaştırdı. Bir Gazneli ordusunu mağlup ederek Belh şehrini ele geçirdi (1040 yılı sonbaharı). Tuğrul Bey ile beraber Harezm'e yürüdüler ve ezeli düşmanları Şah Melik'i mağlup ederek, geçmişte uğradıkları baskının acısını çıkardılar ve Harezm ülkesini Selçuklu Devleti'ne bağladılar (1043). Daha sonra Çağrı Bey oğlu Alp Arslan'ın yardımı ile başarısını sürdürdü ve Karahanlıları mağlup etti.

Ele geçirdiği bölgelerde Selçuklu hakimiyetinin tanınması ve buralara Karahanlıların saldırmamaları şartı ile başarılı bir anlaşma yaptı (1050). Çağrı Bey ayrıca Gazneliler sultanı İbrahim ile de Hindikuş dağları arada sınır olmak üzere anlaştı (1059). İki devlet arasındaki bu anlaşma yarım asır kadar devam etmiştir.

Selçuklu Devleti'nin kuruluşunda büyük rolü olan Çağrı Bey, yetmiş yaşında Serahs şehrinde öldü (1060). Ailenin en büyüğü Musa Yabgu, Dandanakan savaşından sonra Herat'ı zabtetti (1040). O Sistan bölgesini idaresi altında bulunduruyor ve daha çok Herat'da oturuyordu. Ancak onun hanedanın öteki üyeleri kadar başarılı olmadığı anlaşılıyor. Nitekim 1064 yılında Sultan Alp Arslan'a isyan etti. Neticede Herat kalesinde yakalanarak Alp Arslan'ın yanına götürüldü ve böylece siyasi hayatı sona erdi.