Ülke, önceleri “Baharat Ülkesi” olarak biliniyordu. Bölgeye ilk olarak 750 yılında Galyalıların geldiği tahmin edilmektedir. Onuncu yüzyılda, Müslüman Arap orduları İslamiyeti yaymak için bu ülkeye de gittiler. Ülkeye yerleşen Müslümanlar bölgede bir süre Somali Sultanlığını kurdular.

On altıncı asırda Somali Sultanlığı, Etiyopya topraklarına girdi. Portekiz’den yardım alan Etiyopya 1542’de Müslüman ordularını ağır yenilgiye uğrattı. Aynı dönemde Somali’nin kuzey kıyılarının bir bölümü resmen Osmanlı egemenliğinde bulunuyordu. On dokuzuncu asırda batılı devletlerin Afrika ülkelerini sömürge haline getirmeleri büyük rekabete sebep oldu.

Somali’yi 1839’da işgal eden İngilizler sömürgelerine ekledilerse de Fransa ve İtalya ile yapılan savaşlar neticesinde 1884’te İtalya bölgeyi ele geçirdi ve yapılan anlaşmalar neticesinde 1885’ten 1927 yılına kadar İtalyanlar ülke topraklarını işgal altında tuttular. 1949 yılında Birleşmiş Milletler, Somali’nin bağımsızlığını onayladı ve ertesi yıl İtalyanlar ülkeden geri çekilmek mecburiyetinde kaldılar.

1969 yılında askeri ve polis gücünün Muhammed Siyad Barre başkanlığında müştereken yaptığı darbe sonucu meclis dağıtıldı. 1975 yılında ülkede iç olaylar ve anarşi birçok kimsenin ölümüne sebep oldu. Siyad Barre 1979’da Yeni Anayasayı yürürlüğe koydu ve ertesi sene resmen devlet başkanı seçildi. Diğer taraftan dış politikada ise 1977 yılında Somali ile komşusu Etiyopya’nın arası Ogaden bölgesi yüzünden açılmıştı. Etiyopya’ya yardım etmek üzere Sovyet birlikleri bölgeye geldiler.

Bu arada 11.000 Kübalı asker getirildi ve Somali aleyhine olmak üzere bölgede olaylar çıkarıldı. Sovyet yardımı ve desteği de olunca Somali birlikleri ve Etiyopya’daki Somalili gerillalar mağlup edildi. 1.5 milyon Etiyopyalı mülteci, Somali topraklarına göç etti. Bu arada Ogaden’da gerilla hareketleri bir müddet daha sürdü. Devlet Başkanı Muhammed Ziyad Barre, ülkedeki huzursuzlukların artması üzerine çok partili seçimlerin yapılacağını 1989’da açıkladı. 1991 Ocak ayında Ziyad Barre devrildi ve yönetime Ali Mehdi Muhammed geçici olarak el koydu.